После смерти у Алексея Михайловича трон перешел к четырнадцатилетнему Федору, рожденному от первой жены царя Марии Милославской.
Сразу же противники Нарышкиных стали нашептывать царю, что, дескать, Артамон Матвеев думает, как бы лишить государя престола и передать его младшему царевичу Петру, сыну своей воспитанницы, второй жены царя Натальи Нарышкиной. Сначала Федор Алексеевич не слушал эти сплетни, но, как говорится, капля камень точит, тем более что Федор отличался весьма слабым характером. И вот на радость сторонникам Милославских Матвеева удалили от двора, отправили в Сибирь, но не в ссылку, а якобы в качестве воеводы в Верхотурье для устранения тамошних непорядков. Матвеев покинул Москву 2 июля 1676 года вместе с семьей. Но завистники и клеветники не успокоились, продолжали наговаривать на Матвеева царю, обвиняли в магии и колдовстве, и дело для боярина кончилось плохо: его везли под конвоем, как государственного преступника и поместили в острог на берегу Ледовитого океана.
Царь Федор Алексеевич тем не менее очень ласково относился к царице Наталье Кирилловне и маленькому Петру - заходил, навещал, чуть позже подыскал для братца учителя и продолжал проявлять заботу - братскую и государеву.
Однако слишком много было людей, враждебных юному Петру, царице Наталье Кирилловне и всему семейству Нарышкиных. Один из них - главный советник и любимец царя Федора Алексеевича Иван Максимович Языков. Он испытывал дружеские чувства к Милославским и любым способом старался причинить зло Нарышкиным. Хоть Федор Алексеевич и тепло относился к царице, но, обладая слабым характером, не мог защитить ее от происков врагов. Языков придирался к царице, даже до слез доводил, но уже некому было заступиться за Наталью Кирилловну - Алексей Михайлович давно лежал в могиле, Федор в защитники не годился, а Петр был еще слишком мал. Но однажды маленький царевич все-таки умудрился причинить неприятности Языкову. Началось с того, что обнаглевший Языков явился к царице Наталье Кирилловне и предложил ей покинуть царский дворец и переехать в другое место. Царица отказалась, а Языков дошел до того, что начал оскорблять ее. Тогда Петр побежал к Федору Алексеевичу и, сильно волнуясь, рассказал брату о происшедшем. Федор успокоил Петра, обещая во всем разобраться, и, действительно, вскоре удалил Языкова на некоторое время от двора, запретив причинять даже малейшую неприятность царице и брату.
Но Языков был лишь одним из врагов. Оставались другие, которым, например, не нравилось, что маленький царевич учится и весьма успешно. Что делать? Правильно, удалить Зотова. И вот через некоторое время первый учитель Петра Великого Никита Зотов был отправлен в Крым для заключения мирного договора с крымским ханом, после чего все же вернулся в Москву.
Федор Алексеевич, никогда не отличавшийся крепким здоровьем, сильно ослабел за последнее время и продолжал слабеть с каждым днем. По свидетельствам историков, задумываясь о будущем русского трона, он считал, что "…Достойнее всех мой младший брат Петр: Богом он назначен царствовать, и не мне ему мешать". Но бояре, враждебные Петру, убеждали царя, что он еще в полном расцвете сил и ему рано думать о завещании. Федор прислушивался к их словам и даже успел второй раз жениться: новой царицей стала Марфа Апраксина. Но через несколько месяцев царь Федор Алексеевич умер, так и не оставив завещания и не определив, кому же оставляет престол. Это и требовалось Языкову и иже с ним.
Сразу же образовались две партии: одна, во главе с царевной Софьей Алексеевной, поддерживала кандидатуру Иоанна Алексеевича, к тому времени уже достигшего совершеннолетия, но слабого здоровьем, другая, во главе с Натальей Кирилловной, желала видеть на престоле десятилетнего Петра, путь еще юного, но крепкого и здорового. Интересно, что патриарх и вдова царя Федора поддерживали Петра.
Однако избрание царем маленького Петра вызвало сильное недовольство сторонников Милославских. А так как стрельцы тоже колебались и высказывали недовольство, то Милославские воспользовались ситуацией и 15 мая 1682 года организовали стрелецкий бунт, во время которого были убиты многие представители семейства Нарышкиных и их сторонники.
По требованию стрельцов на царство венчали обоих мальчиков: и Иоанна, и Петра, но так как юные цари были слишком молоды, то регентшей при них стала царевна Софья.
