Мать Генриха, последовательная сторонница Кальвина, сделала все, чтобы воспитать из своего сына твердого протестанта. Но в лице своего отца юный принц имел совершенно другой пример. Тот недолго оставался сторонником женевского дела и вернулся к католичеству, после того как поступил на службу к французскому королю в должности генерал-лейтенанта и из протестантского полководца обратился в придворного. Генрих тогда в первый раз сменил свое вероисповедание, но после смерти короля Антуана вновь вернулся к религии матери. Он мужал в те годы, когда Францию потрясли первые религиозные войны. Ожесточенные бои сменялись довольно продолжительными периодами мира, во время которых юный беарнец имел возможность познакомиться с придворной жизнью Парижа. Умный, живой и практичный, Генрих много почерпнул из этих наблюдений. Семейство Валуа также успело хорошо изучить его. После заключения в 1570 г. мира в Сен-Жермене Екатерина Медичи стала хлопотать о браке своей дочери Маргариты с королем Наваррским.

Этот брак, по ее мнению, должен был примирить обе партии и положить конец кровавым смутам. Дело поначалу долго не ладилось, но потом все же пришло к благополучному концу - в августе 1572 г. давно ожидаемый брак состоялся. Как известно, он не оправдал возлагавшихся на него надежд. Через шесть дней после свадьбы католики коварно напали на гугенотов, которые доверчиво съехались в Париж на свадебные торжества, и учинили им в ночь святого Варфоломея жестокую бойню. Вся свита Генриха, размещавшаяся в Лувре, была перебита, но сам он, дав обещание перейти в католичество, избежал общей участи. Следующие четыре года Генрих прожил в Париже на положении пленника.
Внешне он как будто примирился со своей судьбой, но в действительности не оставлял мысли о побеге. В феврале 1576 г., под предлогом поездки на охоту в Санлис, Генрих с небольшой свитой своих приверженцев ускакал по вандомской дороге в Алансон, откуда пробрался в Анжу. В скором времени он отрекся от католичества, в третий раз принял кальвинизм и с этого времени на долгие годы сделался вождем французских гугенотов. Вместе с братом Генриха III, Франсуа, он начал военные действия против короля Генриха III, завершившиеся заключением выгодного мира в Болье.
Жена Генриха, Маргарита, которую он никогда не любил, еще два года жила без мужа в Париже, меняя одного любовника за другим. Наваррский король, впрочем, ничуть не уступал ей количеством любовных приключений.

Он вообще был любвеобилен и имел в своей жизни связь со множеством женщин из самых разных сословий. Так, во время парижского плена он несколько лет был увлечен фрейлиной Екатерины Медичи, Шарлоттой де Бон-Самблансе (известной как госпожа де Сов). В 1578 г. Екатерина Медичи привезла Маргариту в Гасконь и восемнадцать месяцев гостила у зятя. Между двумя дворами, по-видимому, произошло полное примирение. Генрих увлекся тогда фрейлиной Маргариты Франциской де Монморанси-Фоссе (Фоссезой), а с 1582 г. его избранницей на долгие годы стала Диана д'Андуэн, графиня Грамон, прозванная Прекрасною Коризандою. Она стала первою из знаменитых фавориток Генриха.По свидетельству современников, Коризанда, кроме красоты и ума, обладала многими другими достоинствами, и среди них мужеством и бескорыстием. За отсутствием жены (с 1580 г. Маргарита жила в Париже) Коризанда играла роль королевы при наваррском дворе. В 1586 г. Генрих совсем было решил жениться на ней. Но Тюреннь и д'Обиньи, его верные и суровые друзья, умевшие без обиняков говорить нелицеприятные истины, с трудом отговорили его от этого опрометчивого шага. И действительно, к 1589 г. страсть короля к Коризанде охладела.
В это время гражданская война достигла наивысшего ожесточения. Непримиримые католики объединились в Лигу, возглавляемую Генрихом Гизом и его братьями. Под прикрытием религиозной борьбы лигисты начали интриги против Генриха III, стараясь свергнуть его с престола. С каждым месяцем король чувствовал себя в Париже все неуютнее. Наконец, в мае 1588 г. он бежал в Шартр, а в ноябре его телохранители внезапно напали на Генриха Гиза и зарезали его прямо перед кабинетом короля. После этого отчаянного поступка между Генрихом III и парижанами уже не могло быть примирения. Главой Лиги сделался младший брат убитого Гиза, герцог Майенский. Генрих стал искать поддержки у короля Наваррского и, поскольку у него не было своих детей, официально признал его в апреле 1589 г. своим наследником. Оба Генриха соединили свои войска и подступили к Парижу. Осада была в самом разгаре, когда 1 августа фанатик Клеман заколол короля кинжалом.